Тэцуро, мальчик из захолустного города, попадает в центр ультрасовременного города, где находится планетарная станция "Мегаполис". От этой станции отходит "ЭКСПРЕСС-ГАЛАКТИКА 999", на который пытается попасть Тэцуро. Он крадёт билет и его пытается поймать полиция механических людей. Тэцуро неожиданно спасает таинственная Мэйтел, с которой он будет вместе путешествовать на "ЭКСПРЕССЕ-ГАЛАКТИКА 999". Мальчик хочет отомстить механическим людям, в частности Графу Мекке, за смерть матери, убитой во время охоты за людьми. В конце концов ему удается убить Графа Мекку, но Тэцуро на этом не останавливается и решает поехать на планету Андромеду, где находится фабрика по производству механических людей с человеческой внешностью. Но, когда они с Мэйтел прибывают на Андромеду, их ожидают неожиданные приключения...