Андрей Мерзликин родился в городе Королев. По первому образованию - радиотехник космического машиностроения, в процессе получения высшего экономического образования принял решение стать актером. Затем окончил актерский факультет ВГИКа (мастерская Е.А.Киндинова).

Весь путь, включая переезд в столицу, заучивание наспех басни и само триумфальное поступление во ВГИК заняло ровно две недели. Еще будучи студентом, Андрей полюбил сниматься у молодых неизвестных режиссеров. Энтузиазм был вознагражден: за роль в короткометражном фильме «Как я провела лето» А. Мерзликин получил приз за лучшую мужскую роль на фестивале ВГИКа. В 2000 году работал в международном проекте «Отель «Европа» (режиссер Иван Поповски), с ним объездил крупнейшие театральные фестивали Европы (Вена, Бонн, Авиньон, Стокгольм, Болонья). Первая большая и при этом самая неоднозначная роль в кино - фильм «Бумер» Петра Буслова.

В настоящее время Андрей Мерзликин состоит в штате Московского Драматического Театра под руководством Армена Борисовича Джигарханяна.

Участвует в спектаклях: "Она в отсутствии любви и смерти", Э.Радзинский; "Безумный день или Женитьба Фигаро", И.О. Бомарше; "Пороховая бочка", Д. Дуковски; "Театр-убийца", Т. Стоппард; "Крошка-Алиса", Олби; "Ревизор", Н.В. Гоголь; "Три сестры", А.П. Чехов.

Летом 2004 года Андрей Мерзликин принял участие в телеигре "Форт Боярд"